A l'origine, c'est un hameau, propriété des seigneurs de Granges et du Chatelôt.
Le nom de Bretigney est cité pour la premiére fois dans un traité officiel en 1293 ; traité signé par Pierre de Montbéliard et Renaud de Bourgogne.
Le village compte une famille de noble comme il est notifié dans le récit de l'expédition partie au secours du jeune duc Philippe 1° de Bourgogne dans les guerres contre les anglais.
En 1409,suite aux exactions des compagnies de mercenaires, les habitants quittent peu a peu le village et un demi siecle plus tard, en 1544 la situation ne s'est pas améliorée et Bretigney ne compte plus que quelques propriétés.
Ce n'est qu'en 1671, a la faveur de l'acte d'inféodation de la terre de Bretigney à Jean Martin de Seubert que le village connait un renouveau. En effet, ce dernier, originaire de Durlach en Allemagne rassemble neufs familles de colons suisses et allemands et entreprend de remettre en valeur sa nouvelle possession.
Le 1° septembre 1680 la communauté se réunit pour la premiere fois et vingt ans plus tard elle compte 66 habitants puis 106 en 1787.
Au décès de Jean Martin de Seubert le fief de Bretigney et celui de Beutal reviennent a la maison de Montbéliard. En 1702 il est confié au conseiller et trésorier général Jean-Georges Rossel avant de passer entre les mains des comtes de Sandersleben-Coligny. Bretigney est rattaché par la suite a la France en 1793 en même temps que le comté de Montbéliard.
De 1793 a 1816 le village changera quatre fois de département.
L'histoire de Bretigney sera par la suite étroitement liée aux conflits et le village sera libéré le 14 novembre 1944.
Citation a l'ordre de la brigade : village patriote qui vint en aide aux évadés du camp d'Epinal et aux maquisards.
Trois de ses habitants furent tués dont deux fusillés.
Cette citation comporte l'attribution de la croix de guerre avec étoile de bronze.
Les statistiques démographiques du village depuis sa création sont connues : 41 habitants dans 8 maisons en 1688.
La population augmentera pour atteindre 99 personnes en 1757 puis redescendra a 76 unités en 1761.
Le chiffre pour la commune culminera de 1820 a 1846 avec un maximum de 133 habitants en 1831 répartis dans 25 maisons en 1866.
Par la suite s'amorce une régression inexorable. En 1901 il n'y a plus que 43 villageois et seulement 40 en 1982. Grâce a de nouveaux arrivants qui s'installent sur les très rares terrains constructibles, la population remonte a 68 âmes en 1999.
C'est l'exode rural qui a frappé durement cette commune. En 2011 la commune compte 83 habitants et depuis a quelques unités près ce chiffre reste stable.